2007年，上海东亚队在中乙决赛中以2比1战胜四川队，夺得冠军并成功晋级中甲联赛。王燊超作为主力后卫，在决赛中做出了关键性的防守，帮助球队实现了历史性突破。升入中甲后，他的表现更加稳定，2008赛季他出场24次，帮助球队获得了联赛第六名。

2009年，王燊超的职业生涯迎来了第一个重要的转折点。那一年，他不仅帮助上海东亚队跻身中甲前四名，还代表上海队参加了第十一届全运会。在决赛中，上海队以3比0战胜广东队，赢得了男足甲组金牌。王燊超在比赛中打入两球，成为球队夺冠的功臣之一。

2012赛季，王燊超接过了队长袖标，带领上海特莱士队（当时上海东亚队的名字）提前一轮夺得了中甲冠军，成功冲超。这是崇明一期球员首次晋升至中国足球顶级联赛。升上中超后，王燊超激动地表示：“我们不会改变打法，只会在原有的基础上加强。”

进入中超后，王燊超依然保持了出色的表现。2013赛季，他贡献了3次助攻，帮助球队以第9名的成绩完成了中超处子赛季。2014年4月20日，在对阵大连阿尔滨的比赛中，王燊超打入了自己在中超的首个进球，帮助球队1比1战平对手。这个进球让他十分激动，他立刻跑到场边，向看台上的徐根宝深深鞠躬，表达自己的感激之情。

2018年对王燊超来说，是职业生涯的巅峰。作为上海上港队的队长，他带领球队提前一轮夺得了中超联赛的冠军，打破了广州恒大队七年对中超冠军的垄断。在与广州恒大的关键战役中，王燊超在第77分钟的传球造成了对方后卫张成林的失误，帮助球队重新取得领先。这个进球成为了赛季的转折点，最终上海上港以68分的成绩赢得了中超冠军。

然而，就在王燊超职业生涯如日中天之际，一场争议却打破了他的平静生活。2018年3月，中国队在中国杯比赛中以0比6惨败给威尔士队，王燊超在比赛中出现了几次明显的停球失误，甚至被网友戏称为“停球五米远”。事后他解释说，自己赛前生病发烧，身体状态不佳，但这一解释并未平息外界的批评。更大的争议发生在2018年5月26日的中国队与缅甸队友谊赛中。当时，王燊超替补上场时，偷偷取出并佩戴了项链，违反了国际足联对球员装备的规定。中国足协因此对他做出了取消国家队资格一年的处罚，意味着他错过了2019年亚洲杯。

这一事件让王燊超面临职业生涯的低谷。他在社交媒体上公开道歉，表示深刻认识到自己的错误，今后会更加严格要求自己，并遵守赛场上的所有规则。那段时间，尽管他承受着巨大的舆论压力，但他并没有沉沦，而是将所有精力投入到俱乐部比赛中。在2018赛季，王燊超代表上海上港队出场36次，贡献了2个进球和2次助攻，帮助球队不仅夺得了中超冠军，还赢得了中国足协超级杯，达成了国内赛事双冠。

尽管年纪渐长，王燊超依旧保持着出色的状态。2024年5月18日，上海海港队在客场5比3战胜青岛西海岸队的比赛中，王燊超迎来了自己在中超的第300场比赛，成为队史第二位达到这一里程碑的球员。在赛后，他动情地说道：“300场对我来说不仅仅是一个数字，它记录了我从一个小将成长为老将的全过程。”

2024赛季，王燊超帮助上海海港队实现了中超联赛的两连冠，并在足协杯决赛中3比1战胜山东泰山队，首次夺得该项赛事冠军，实现了国内赛事的大满贯。在决赛中，王燊超不仅防守稳健，还在第37分钟策动攻势，助攻李帅破门，为球队打开了胜利的大门。

2025年10月31日，中超第29轮上海海港队主场3比0战胜浙江队的比赛中，36岁的王燊超上演了职业生涯中最精彩的进球之一。第50分钟，他在禁区右侧接到李帅的传中，迅速做出凌空抽射，皮球如炮弹般直挂球门死角，成为当轮最佳进球。这个进球不仅帮助球队赢得了争冠关键战，也让他再次证明了自己的实力。

赛后，主教练穆斯卡特对王燊超赞不绝口，称他为“会呼吸的战术板”，因为无论教练布置什么战术，王燊超总能在场上完美地执行。

作为上海海港队出场次数第二多的球员（仅次于颜骏凌），王燊超的贡献不仅体现在数据上，他还是球队的精神领袖，年轻球员的导师。王燊超不仅会剪辑比赛视频，分析防守站位和进攻时机，还毫无保留地将经验传授给队友。在更衣室里，他的影响力无处不在。队员们遇到技术难题时，他总会耐心指导，队友间出现矛盾时，他主动调解。

他的多位置适应性也是球队的宝贵财富。王燊超职业生涯中曾担任过左后卫、右后卫、中后卫和后腰等多个位置，每个位置都能胜任，这让历任主教练都非常青睐他。2025赛季，在球队遭遇伤病潮时，他更是连续多场比赛客串中后卫，帮助球队稳固防线。

虽然王燊超因争议事件错过了一些重要赛事，但他仍为国家队出场21次，贡献4次助攻。里皮曾高度评价王燊超的战术理解能力，认为他在球场上具有出色的视野和判断力。

尽管职业生涯中获得了诸多荣誉，王燊超依然有未完成的遗憾——他始终未能代表中国队参加世界杯。2018年因为首饰事件错过了亚洲杯，2022年世预赛又因年龄和伤病逐渐淡出国家队，这成为了他为国